Isolasi DNA Total Dan Optimasi Suhu Annealing Untuk Primer COX2 Pada Ikan Ompok eugeneiatus (Vaillant 1893) Asal Sungai Indragiri Hulu Riau

Abstract

Ikan selais Ompok eugeneiatus (Vaillant 1893) merupakan fauna khas sungai paparan banjir yang perlu dilestarikan. Teknik molekuler yang berkembang saat ini memungkinkan eksplorasi penanda genetik. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk isolasi dan mengamplifikasi DNA mitokondrial (mtDNA) yang dapat digunakan untuk menunjang usaha konservasi dan perlindungan sumber daya genetik fauna paparan banjir. Otot dari setiap sampel ikan diisolasi DNA totalnya, lalu dilakukan optimasi primer COX2 dengan teknik PCR menggunakan empat pasang primer COX2. Molekul DNA total pada ikan O. eugeneiatus telah didapatkan sesuai dengan protokol dari kit isolasi DNA DNeasy Blood and Tissue dari Qiagen. Pasangan primer COX2_SA_F1 dan COX2_SA_R1 dengan suhu annealing 49 oC menghasilkan pita yang paling baik dalam visualisai hasil optimasi primer dengan ukuran 660pb pada O. eugeneiatus sehingga dapat digunakan sebagai primer dalam mendapatkan fragmen COX2 dengan menggunakan teknik PCR.