Isolasi DNA Total dan Optimasi Suhu Annealing Pada Amplifikasi Fragmen COX2 Mitokondrial Ikan Kryptopterus limpok (Bleeker 1852) dari Sungai Kampar Provinsi Riau

Abstract

Sungai paparan banjir yang ada di provinsi Riau memiliki ciri khas yaitu memiliki keunikan habitat dan fauna, salah satu jenis ikan yang hidup di sungai paparan banjir Riau adalah ikan yang berasal dari genus Kryptopterus yang perlu dijaga kelestariannya. Isolasi DNA total merupakan teknik yang digunakan untuk mendapatkan DNA murni dari suatu sampel. Molekul DNA total dan fragmen COX2 mitokondrial dari ikan Kryptopterus limpok yang didapatkan kemudian akan digunakan untuk penelitian analisis keanekaragaman genetik sebagai salah satu usaha konservasi terhadap ikan jenis ini. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi DNA dan menentukan suhu annealing untuk gen COX2 pada K. limpok. Sampel K. limpok berasal dari sungai paparan banjir yang ada di Provinsi Riau, yaitu Sungai Kampar. Otot yang digunakan untuk isolasi berasal dari bagian ekor ikan. Proses isolasi dan purifikasi dilakukan dengan menggunakan Kit isolasi dan purifikasi DNA Dneasy Blood and Tissue Kit dari Qiagen Proses amplifikasi menggunakan 4 pasang primer. Proses isolasi menggunakan Kit isolasi dan purifikasi DNA Dneasy Blood and Tissue Kit dari Qiagen menghasilkan DNA total yang utuh dan tidak smear yang digunakan sebagai cetakan untuk tahap amplifikasi. Pasangan primer COX2_SA_F1 dan COX2_SA_R1 dengan suhu annealing 49ºC merupakan pasangan primer yang tepat untuk amplifikasi fragmen COX2 ikan K. limpok.